การยุบเลิกวัด มีขั้นตอนและวิธีดำเนินการตามที่ได้กำหนดไว้ในกฎกระทรวง ฉบับที่ 1 (พ.ศ.2507) ออกตามความในพระราชบัญญัติคณะสงฆ์ พ.ศ. 2505 ดังนี้

1. เจ้าคณะอำเภอและนายอำเภอ  เป็นผู้รายงานขอยุบเลิกวัด ตามแบบ (ศถ. 6) ซึ่งทางราชการได้กำหนดไว้ไปยังเจ้าคณะจังหวัด

2. เมื่อเจ้าคณะจังหวัดเห็นสมควรแล้วให้นำปรึกษาผู้ว่าราชการจังหวัด แล้วเสนอเรื่องและความเห็นไปยังเจ้าคณะภาค

3. เมื่อเจ้าคณะภาคเห็นสมควรแล้ว  ให้ส่งเรื่องและความเห็นไปยังสำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ

4. เมื่อสำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติเห็นสมควรแล้ว จะรายงานเพื่อขอรับความเห็นชอบแล้วนำเสนอมหาเถรสมาคม

5. เมื่อมหาเถรสมาคมเห็นชอบแล้ว จะได้ประกาศยุบเลิกวัดในราชกิจจานุเบกษาตามแบบ ว.4 ท้ายกฎกระทรวง